По архитектуре, это типичная походная казачья церковь. До 1895 храм находился на одном из островов Северного Каспия. Затем был перенесен в Красноводск и установлен на нынешнем месте.
В послереволюционные годы храм отобрали у верующих, а когда вернули православной общине в 1947 от здания мало что осталось. Основные работы по реконструкции выполнили в сороковые-пятидесятые годы. Делали ремонт в девяностые.
Но все это были полумеры. Исторический храм нуждался в бережной и, в то же время, масштабной реставрации: начиная от фундамента, заканчивая кровлей.
Епископ Феофилакт совершил в обновленном храме Божественную литургию. Архиерей тепло поблагодарил настоятеля, протоиерея Александра Варламова и всех прихожан Михайловского храма за любовь к своему храму, за крепость веры и верность Церкви.